在調查的農民工中，被克扣和拖欠過報酬的農民工分別占20%。其中，50%以上的農民工被克扣或被拖欠的報酬屬于工資收入。農民工被拖欠報酬時間最短的有一個月，最長的達到八年，平均被拖欠了四個月。被拖欠過半年以下的農民工有5195名，占被拖欠農民工數的9.49%。
另外，農民工權益受保障的程度明顯偏低。農民工所在單位提供工作待遇較低。90%以上的農民工沒有享受住房補貼和住房公積金，近80%的農民工不能帶薪休假，還有80%的女職工無法享受帶薪休產假制度。另有50%左右的農民工得不到工傷補償或者加班補貼，近40%農民工未與單位簽訂任何勞動合同或協議。
此外，農民工生活質量普遍不高。首先是農民工生活、衛生條件差。受工資水平低限制，大部分農民工的月消費幾乎全部用于住宿和食品消費，而在生病時，只有少數人會選擇去正規醫院，其他人大都選擇自己買藥治療或去個體診所。其次是居住環境質量差。近40%的農民工居住在工棚或集體宿舍里，地方狹窄擁擠，室內骯臟零亂，除了被褥衣物，幾無他物。
子女受教育難、就業服務和職業技能培訓不到位、農民工從事的職業技術含量低且工資水平低也是農民工面臨的問題。
